يتميز المسجد الأعظم بمدينة القصر الكبير باحتوائه على نفائس وآثار تعود إلى عهد الإغريق، فعند ترميمه وإصلاحه سنة 1987 تم العثور فيه على أحجار ونقائش ونقد روماني ونقيشة مكتوبة باللغة الإغريقية، وقد أشارت بعض المراجع إلى أن مدينة القصر الكبير كانت محتلة من قبل الفينيقيين وكان له اتصال معهم ومع القرطاجيين وخاصة عبر نهر لوكوس، وكانت تسمى في عهد الرومانيين ب «ابيدوم نوفوم» وتعني القلعة الجديدة، حسب معطيات مستقاة من مصادر إعلامية.
هذا الاكتشاف جعل من المسجد الأعظم معلمة تاريخية عريقة، إضافة إلى احتوائه على مطفية حيكت حولها القصص والأساطير والتي تبلغ مساحتها حوالي 70 مترا مربعا وارتفاعها يفوق أربعة أمتار .
ويعود تأسيس المسجد الأعظم إلى عهد المرينيين، إذ يحتوي تصميمه على الطابع الأندلسي، وميزته كراسيه العلمية التي كانت بمثابة إشعاع علمي ومعرفي في مختلف العلوم والمجالات.
والمسجد جزء من معمار المدينة الذي يتميز بفن العمارة الإسلامية، إذ أن لها مميزات وطرز متعددة كالطراز الأموي في الشام والأندلس والطراز المغربي الأندلسي والطراز الفاطمي في مصر والطراز الهندي والطراز العثماني .
وهناك من يقول إن تأسيس المدينة كان من قبل يعقوب المنصور الموحدي، فقد انفردت المصادر الأوروبية بذكره، ولم يرد هذا الخبر في أي مصدر عربي، وكان الحسن الوزان هو المصدر الأول لهذه الرواية، فهو يورد قصة خلاصتها أن السلطان الموحدي تاه عن حراسه في رحلة صيد بضواحي القصر الكبير، وبحلول الليل التقى رجلا مجهولا فأكرمه دون أن يعرف أنه السلطان. فقرر هذا الأخير بعد ذلك مجازاة الرجل وأمر له ببناء قصر وعدة منازل، وفق ما جاء في بعض المواقع الإلكترونية.
وتتكون المدينة القديمة من عدوتين هما باب الواد والشريعة. وما يزال يوجد بالمدينة نوعان من الشوارع: شوارع عامة وتسمى «بطريق المسلمين» وهي متسعة نسبيا كما يحق للجميع المرور بها، وأخرى ضيقة ومتعرجة، وغير نافذة، أقل اتساعا من الأولى.
وكانت المدينة في عهد الموحدين والمرابطين معبرا للمدافعين عن الإسلام في الأندلس، وبني فيه سور وبعض القصور، أما في العهد المريني فحظيت باهتمام بالغ، حيث أنشئت فيها عدة منشآت علمية منها: المدرسة العينانية، وازدهر فيها العلم وزارها ابن خلدون. كما أصبح القصر في القرن 16 من أهم المواقع والقلاع ضد الاحتلال الأجنبي، ولعل معركة وادي المخازن الشهيرة خير دليل على ذلك، كما أنه منذ بداية القرن 16 عرف أنشطة اقتصادية وتبادلا تجاريا في السلع بين الداخل والخارج، حيث كانت المواد تتجمع في القصر وتصدر عبر العرائش وطنجة، ويحتوي القصر على عدة مآثر تاريخية تتمثل في الزوايا والمساجد والأضرحة والقصور والأسوار مثل: بيمرستان، سيدي الرايس، للا فاطمة الأندلسية، مولاي علي بوغالب، والجامع السعيد، والزاوية التيجانية، والمسجد الأعظم الذي يعتبر متحف المدينة نظرا للهندسة المعمارية والزخرفية، والطابع الذي يتميز به، ففيه نقوش رومانية وإغريقية وفيه أيضا الطابع الإسلامي المريني والموحدي والسعدي، حسب ما ورد في أحد المواقع الإلكترونية.
